igraph
is a collection of network analysis tools with the emphasis on efficiency, portability and ease of use. igraph is open source and free. igraph
can be programmed in R, Python and C/C++.
igraph
has three basic functionalities.
library(igraph)
g1 <- graph.empty()
g2 <- graph( c(1,2,2,3,3,4,5,6), directed=TRUE )
g3 <- graph.star(10, mode="out")
g4 <- graph.lattice(c(5,5))
g5 <- graph.lattice(length=5, dim=2)
g6 <- graph.ring(10)
g7 <- graph.tree(10, 2)
g8 <- graph.full(5, loops=TRUE)
g9 <- graph.full.citation(10)
g10 <- graph.atlas(sample(0:1252, 1))
el <- matrix( c("foo", "bar", "bar", "foobar"), nc=2, byrow=TRUE)
g11 <- graph.edgelist(el)
g12 <- graph.extended.chordal.ring(15, matrix(c(3,12,4,7,8,11), nr=2))
plot()
: plot does simple non-interactive 2D plotting to R devices.
tkplot()
: does interactive 2D plotting using the tcltk package. It can only handle graphs of moderate size, a thousand vertices is probably already too many.
rglplot()
: is an experimental function to draw graphs in 3D using OpenGL.
g2 <- graph( c(1,2,2,3,3,4,5,6), directed=TRUE )
plot(g2)
g3 <- graph.star(10, mode="out")
plot(g3)
g5 <- graph.lattice(length=5, dim=2)
plot(g5)
g6 <- graph.ring(10)
plot(g6)
g7 <- graph.tree(10, 2)
plot(g7)
g8 <- graph.full(5, loops=TRUE)
plot(g8)
g12 <- graph.extended.chordal.ring(15, matrix(c(3,12,4,7,8,11), nr=2))
plot(g12)
test <- read.csv('block4.csv',
head = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)
g <- graph.data.frame(test,directed = FALSE)
plot(g,vertex.size=5,layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.shape='circle', vertex.label.cex=1.0, vertex.label.color='black', vertex.label=NA)
#classic random graphs
g13 <- erdos.renyi.game(100,2/100,type='gnp')
plot(g13,layout=layout.fruchterman.reingold,
vertex.size=5,vertex.label=NA)
#preferential attachment and variations
g14 <- barabasi.game(100)
plot(g14,layout=layout.fruchterman.reingold,
vertex.size=5,vertex.label=NA,edge.arrow.size=0.1)
Plotting parameters
NODES | 描述 |
---|---|
vertex.color | Node color |
vertex.frame.color | Node border color |
vertex.shape | One of “none”“circle”“square”“csquare”“rectangle”“crectangle”“vrectangle”“pie”“raster”“sphere” |
vertex.size | Size of the node (default is 15) |
vertex.size2 | The second size of the node (e.g. for a rectangle) |
vertex.label | Character vector used to label the nodes |
vertex.label.family | Font family of the label (e.g.“Times”, “Helvetica”) |
vertex.label.font | Font: 1 plain, 2 bold, 3, italic, 4 bold italic, 5 symbol |
vertex.label.cex | Font size (multiplication factor, device-dependent) |
vertex.label.dist | Distance between the label and the vertex |
vertex.label.degree | The position of the label in relation to the vertex where 0 right, “pi” is left, “pi/2” is below, and “-pi/2” is above |
EDGES | 描述 |
---|---|
edge.color | Edge color |
edge.width | Edge width, defaults to 1 |
edge.arrow.size | Arrow size, defaults to 1 |
edge.arrow.width | Arrow width, defaults to 1 |
edge.lty | Line type, could be 0 or “blank”, 1 or “solid”, 2 or “dashed”, 3 or “dotted”, 4 or “dotdash”, 5 or “longdash”, 6 or “twodash” |
edge.label | Character vector used to label edges |
edge.label.family | Font family of the label (e.g.“Times”, “Helvetica”) |
edge.label.font | Font: 1 plain, 2 bold, 3, italic, 4 bold italic, 5 symbol |
edge.label.cex | Font size for edge labels |
edge.curved | Edge curvature, range 0-1 (FALSE sets it to 0, TRUE to 0.5) |
arrow.mode | Vector specifying whether edges should have arrows,possible values: 0 no arrow, 1 back, 2 forward, 3 both |
OTHER | 描述 |
---|---|
margin | Empty space margins around the plot, vector with length 4 |
frame | if TRUE, the plot will be framed |
main | If set, adds a title to the plot |
sub | If set, adds a subtitle to the plot |
plot(g14, edge.arrow.size=.2,vertex.color="red", vertex.size=8, vertex.frame.color="gray", vertex.label.color="black",vertex.label.cex=0.4, vertex.label.dist=2, edge.curved=0.2)
get.adjacency(g14)
## 100 x 100 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
##
## [1,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [2,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [3,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [4,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [5,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [6,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [7,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [8,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [9,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [10,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [11,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [12,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [13,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [14,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [15,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [16,] . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [17,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [18,] . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [19,] . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [20,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [21,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [22,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [23,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [24,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## [25,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [26,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [27,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [28,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [29,] . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [30,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [31,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## [32,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [33,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [34,] . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [35,] . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [36,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [37,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [38,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [39,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## [40,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [41,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## [42,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [43,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [44,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [45,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [46,] . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [47,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [48,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## [49,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## [50,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [51,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [52,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [53,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [54,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [55,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [56,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [57,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [58,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [59,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [60,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [61,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [62,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [63,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [64,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [65,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [66,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [67,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [68,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## [69,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [70,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [71,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [72,] . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## [73,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [74,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [75,] . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [76,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [77,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [78,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## [79,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [80,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [81,] . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## [82,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [83,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [84,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## [85,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [86,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [87,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [88,] . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [89,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [90,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [91,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [92,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [93,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## [94,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [95,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
## [96,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [97,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [98,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [99,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [100,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## [1,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [2,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [3,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [4,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [5,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [6,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [7,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [8,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [9,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [10,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [11,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [12,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [13,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [14,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [15,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [16,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [17,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [18,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [19,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [20,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [21,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [22,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [23,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [24,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [25,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [26,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [27,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [28,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [29,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [30,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [31,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [32,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [33,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [34,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [35,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [36,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [37,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [38,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [39,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [40,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [41,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [42,] . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [43,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [44,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [45,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [46,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [47,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [48,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [49,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [50,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [51,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [52,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [53,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [54,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [55,] . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [56,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [57,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [58,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [59,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [87,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [96,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## [97,] . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [98,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [99,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [100,] . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
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## [20,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [21,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [28,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [29,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [30,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [31,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [36,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [37,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [38,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [39,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [40,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [41,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [42,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [43,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [44,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [45,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [46,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [47,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [48,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [49,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [50,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [51,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [54,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [56,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [57,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [65,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [69,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [70,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [71,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## [73,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [74,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [75,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [76,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [77,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [78,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [79,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [80,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [81,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [82,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [83,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [84,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [85,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [86,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [87,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [88,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [89,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [90,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [91,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [92,] . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [93,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [94,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [95,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [96,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [97,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [98,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [99,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [100,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
get.edgelist(g14)
## [,1] [,2]
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## [96,] 97 41
## [97,] 98 67
## [98,] 99 42
## [99,] 100 46
nodes <- read.csv("netscix2016/Dataset1-Media-Example-NODES.csv", header=T, as.is=T)
links <- read.csv("netscix2016/Dataset1-Media-Example-EDGES.csv", header=T, as.is=T)
head(nodes)
## id media media.type type.label audience.size
## 1 s01 NY Times 1 Newspaper 20
## 2 s02 Washington Post 1 Newspaper 25
## 3 s03 Wall Street Journal 1 Newspaper 30
## 4 s04 USA Today 1 Newspaper 32
## 5 s05 LA Times 1 Newspaper 20
## 6 s06 New York Post 1 Newspaper 50
head(links)
## from to weight type
## 1 s01 s02 10 hyperlink
## 2 s01 s02 12 hyperlink
## 3 s01 s03 22 hyperlink
## 4 s01 s04 21 hyperlink
## 5 s04 s11 22 mention
## 6 s05 s15 21 mention
nrow(nodes)
## [1] 17
length(unique(nodes$id))
## [1] 17
nrow(links)
## [1] 52
nrow(unique(links[,c("from", "to")]))
## [1] 49
g_1 <- graph.data.frame(d = links,directed = F,vertices = nodes)
plot(g_1, layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.label.cex = 0.4)
graph atrribute
Computing features of graphs
Community Detection
Link Prediction
g <- barabasi.game(30)
degree(g)
> [1] 9 11 1 4 1 1 1 3 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1
> [24] 1 1 1 1 1 1 1
E(g)
> + 29/29 edges from 8df9025:
> [1] 2-> 1 3-> 2 4-> 2 5-> 1 6-> 2 7-> 1 8-> 1 9-> 2 10-> 1 11-> 2
> [11] 12->11 13-> 2 14-> 8 15-> 9 16-> 2 17-> 4 18-> 1 19-> 2 20-> 8 21-> 1
> [21] 22-> 4 23-> 2 24-> 1 25->19 26-> 2 27->19 28-> 1 29->11 30-> 4
V(g)
> + 30/30 vertices, from 8df9025:
> [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
> [24] 24 25 26 27 28 29 30
shortest.paths(g, v = 1)
> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
> [1,] 0 1 2 2 1 2 1 1 2 1 2 3 2
> [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24]
> [1,] 2 3 2 3 1 2 2 1 3 2 1
> [,25] [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
> [1,] 3 2 3 1 3 3
Centrality: closeness()
, betweenness()
and page.rank()
Community Detection: walktrap.community()
, spinglass.community()
and egde.betweenness.community()
Others
karate <- make_graph("Zachary")
wc <- cluster_walktrap(karate)
modularity(wc)
## [1] 0.3532216
membership(wc)
## [1] 1 1 2 1 5 5 5 1 2 2 5 1 1 2 3 3 5 1 3 1 3 1 3 4 4 4 3 4 2 3 2 2 3 3
plot(wc, karate)
安装包sand
载入包sand
library(sand)
aidsblog
data(aidsblog)
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## This graph was created by an old(er) igraph version.
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## IGRAPH NA D--- 146 187 --
## [1] 146
## [1] 187
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## [1] 1 1 1 1 1 1 43 1 1 1 1 23 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## [24] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 16 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## [47] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## [70] 1 1 1 19 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## [93] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## [116] 1 1 26 1 1 1 2 2 2 3 4 6 2 5 2 2 2 2 18 2 2 2 2
## [139] 3 4 3 18 36 2 3 2
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